一开始，机器和人类斗争，机器胜利后制造了矩阵，矩阵是个由代码构建的虚拟世界，并把所有人类接入矩阵，欺骗他们让其以为自己生活在现实中。实则每个人类都被溶液泡着关在一个容器内，身上连接着各种传感器。但是总有人类能发现矩阵是虚拟世界而不是真实的，于是矩阵的核心程序即架构师将这部分觉醒的人安排到锡安，并定期从人群中觉醒一个救世主，让救世主带领锡安的人反抗。救世主面见架构师时，矩阵全部清除重来，从而实现矩阵的进化，以维护矩阵对人类的欺骗。而矩阵某次更新时产生的先知程序介入了架构师的计划，她设计让第六代救世主与女人相爱，于是尼奥在人类和崔妮蒂之间选择了后者。他们回到现实后去与机器大帝（矩阵的主人）谈判。因为史密斯类似病毒污染矩阵世界，大帝需要尼奥的帮助，于是达成交易，在尼奥牺牲以后，人类与机器终于和平。